Das gesamte Pilz-Königreich leidet an der Metabowlie, einer fiesen Krankheit, und nur Mario und Luigi können ein Heilmittel dafür finden. Doch Krankfried hat dafür gesorgt, dass die beiden Brüder von Bowser gefressen wurden! Die beiden müssen sich nun durch Bowsers Innerstes durchschlagen und Bowser selbst muss das Königreich nach einem Heilmittel absuchen. Dazu muss zwischen Bowser und den Brüdern gewechselt werden. Marios Erzfeind stellt sich dabei Riesenkämpfen, die eines Königs würdig sind! In Bowser Jr.s Geschichte erfährst du ausserdem zum ersten Mal, was hinter den Kulissen der Hauptstory geschah.