Nordamerika, 18. Jahrhundert. Mitten im Chaos und der Brutalität des Siebenjährigen Krieges, durchlebt Shay Patrick Cormac, ein furchtloses junges Mitglied des Assassinen-Ordens, eine finstere Verwandlung, die die Zukunft der amerikanischen Kolonien für immer formen wird. Nachdem eine gefährliche Mission tragisch fehlschlägt, wendet sich Shay von den Assassinen ab, die deshalb fortan seinem Leben ein Ende bereiten wollen. Ausgestossen von jenen, die er einst Brüder nannte, zieht Shay auf einen Feldzug, um all jene auszulöschen, die sich gegen ihn gewandt haben und wird somit schliesslich der gefürchtetste Assassinen-Jäger der Geschichte. Assassin's Creed Rogue ist das bis jetzt finsterste Kapitel der Assassin's Creed-Reihe. Als Shay wird der Spieler die langsame Verwandlung vom Assassinen zum Assassinen-Jäger durchleben. Seinem eigenen Credo folgend wird man so die Strassen von New York City durchstreifen, wilde Flusstäler überqueren und sich bis in die eisigen Gewässer des Nordatlantiks vorwagen, um die Assassinen niederzustrecken.