En 2006, Fonseca fut la première entreprise à lancer un porto entièrement certifié biologique, pionnière dans cette catégorie. Dirigée par l'œnologue David Guimaraens et son équipe viticole, elle a été l'une des premières véritables maisons à développer un porto bio dans le Douro, basé sur les connaissances acquises grâce à la gestion à long terme d'une parcelle cultivée biologiquement à la Quinta do Panascal de Fonseca depuis 1992. Ce vignoble biologique, introduit par feu Bruce Guimaraens, continue d’être la référence essentielle pour toutes les pratiques viticoles de la Fladgate Partnership aujourd’hui.

En 2002, le Terra Prima Organic Reserve est devenu une réalité grâce aux raisins cultivés dans la vallée du Douro, provenant d’un vignoble entièrement biologique, géré activement par Guimaraens et son équipe. La dernière étape de développement consistait à trouver un distillateur spécialisé capable de produire de l'alcool de qualité supérieure biologique, approuvé par l’Institut des vins de Porto. Ce fut accompli, et la certification a été accordée par Ecocert, Portugal.